社内の情報システム部門に配属となり、自社内のインフラ管理や基幹システム/業務システムの開発、ヘルプデスクなどに従事する仕事となる。
社内SEを大別するとインフラ系か開発系に別れるが、企業の規模によってはその全てとなる場合もある。基幹システムの開発においては業務知識が求められが、メーカーでは生産管理システムや販売管理システムなどの開発に携わるケースが多い。
生産管理システムは工場単位や製品単位でカスタマイズされる事が多く、工場が多拠点に及ぶと工場毎で社内SEが常駐するケースや本社部門の情報システム部門が一括管理する場合もある。
開発プロセスにおいて社内SEは上流工程に携わることが基本。しかし実際のコーディングなど製造に回ることも想定される。